Yes, it certainly would raise eyebrows for a male person to name himself "Hexe". The correct male version would be "Hexer". However, this is not very often used, as the male opposite of "Hexe" often would be "Zauberer" (magician).
Depending on context, "männliche Hexe" is a good translation.

That's how I would call him.

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Note added at 9 hrs (2011-01-12 04:37:41 GMT)
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oder Zauberer

I would say whether or not it raises eyebrows if a man called himself a "Hexe" depends on your target audience. The general public usually imagines "Hexen" to be female („die böse Hexe, die auf ihrem Besen durch die Nacht fliegt“), but within the witch community the word "Hexe" is often used universally applying to both female and male witches (although there seems to be some controversy about it).

Examples:

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Here is a guy who calls himself a "Hexe":

„Jawohl, eine männliche Hexe. So etwas gibt es. Einige bevorzugen den Begriff "Hexer", aber den mag ich nicht. Für mich ist 'Hexe' universell.“
http://www.saphiro.de/sonstiges/saphiro.htm

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From the FAQs of www.hexen.org:

„Kann ich das Hexenbuch auch als Junge bestellen, also auch als Hexer benutzen? Außerdem steht überall nur von Hexen und nichts von Hexern. Ist das Absicht oder habt ihr vergessen, dass uns das auch interessiert?
Eigentlich gibt es keine Hexer. Es gibt sowohl weibliche Hexen, als auch männliche Hexen. Beide sind völlig gleichwertig, denn nicht das Geschlecht, sondern die Einstellung zur Sache ist entscheidend. Es gibt eine Reihe von männlichen Hexen. Da sich aber viele Hexer nennen, verwenden wir auch gelegentlich dieses Wort, damit sich diese angesprochen fühlen. Nochmals, mit Hexen sind alle gemeint. Somit ist natürlich auch das Hexenbuch für alle verwendbar. “
http://www.hexen.org/hexen_faq.html

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And Wikipedia says:
„Männliche Hexen bezeichnen sich heute manchmal als „Hexe“, auch wenn es ihnen freisteht, sich Hexer, Zauberer oder Hexenmeister zu nennen.“
http://de.wikipedia.org/wiki/Hexe#M.C3.A4nnliche_Hexen

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