Glossary entry

English term or phrase:

Smallest sum probability [BLAST algorithm]

Italian translation:

Minima probabilitá sommata (secondo Karlin-Altshul)

Added to glossary by Alberto Manni
Mar 20, 2012 15:06
12 yrs ago
4 viewers *
English term

Smallest sum probability

English to Italian Other Mathematics & Statistics Analisi statistica
One measure of similarity provided by the BLAST algorithm is the smallest sum probability (P(N)).

Forse mi sto perdendo in un bicchiere d'acqua, ma non riesco a venirne a capo.

Grazie per l'aiuto!
Change log

Mar 27, 2012 12:22: Alberto Manni Created KOG entry

Discussion

DLyons Mar 20, 2012:
It's defined to be the lowest P-value assigned to a set of High Scoring Sequence Pairs.

P(N) rappresenta la probabilità che il punteggio di tali HSP definisca una similarità casuale.

"... un allineamento locale il punteggio aumenta con il logaritmo del
prodotto delle lunghezze delle sequenze" from
http://schubert.bio.uniroma1.it/corsiol/docecorsi/BioinfoL3-... (slow site!)

Proposed translations

3 hrs
Selected

minima probabilitá sommata (secondo Karlin-Altshul)

Si parla di un calcolo di probabilitá con un metodo di somma pesata, ideato da Karlin e Altshul, che non è una semplice somma aritmetica.

"The P-values are a function of N, as used in Karlin-Altschul "Sum" statistics or Poisson statistics, to treat situations where multiple HSPs
are found."
Something went wrong...
4 KudoZ points awarded for this answer. Comment: "Grazie a tutti per l'aiuto!"
54 mins

la minima probabilità sommaria (sommativa/cumulativa§totale))

http://www-fog.bio.unipd.it/bioinfor/blast.html

Valutazione statistica dei risultati

Il punteggio degli HSP gode della proprietà di poter essere analizzato statisticamente (Karlin & Altschul, 1990) [3]
A questo scopo viene utilizzata la distribuzione di Poisson. Nell'output di BLAST compare infatti un valore P(N) che rappresenta la probabilità che il punteggio di tali HSP definisca una similarità casuale. Tanto più piccolo è questo valore, tanto maggiore è la probabilità che non si tratti di pura casualità.
Something went wrong...

Reference comments

3 hrs
Reference:

qui spiega cos'è

E' un libro quindi non si può fare copia incolla. Scrivi "smallest sum" nel campo ricerca e ti esce una frase che spiega il concetto.

http://books.google.it/books?id=kTOx-pYcBScC&pg=PA122&lpg=PA...
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