Il y a deux problèmes à résoudre : l'ordre des mots, et l'éventuelle coquille.

Pour l'ordre, ça me paraît plutôt être chlorhydrate de transcyloprolinate de benzyle. La proline a une fonction amine, ça n'est pas déraisonnable de penser qu'on isole ce produit sous forme du chlorhydrate, comme la plupart des dérivés d'acides aminés. Je suis un peu plus embêté pour le "cylo". Certes, c'est très certainement "cyclo" parce que le radical "cylo" est inconnu au bataillon, MAIS "cycloproline" n'a pas de sens : cet acide aminé est déjà cyclique ! "trans" fait sans doute référence à la configuration absolue, donc ici pas de problème.

Ma proposition "calque" serait donc :
trans-cycloprolinate de benzyle, chlorhydrate
ou
chlorhydrate de trans-cycloprolinate de benzyle
(les deux sont équivalents)

mais pour faire les choses bien, il faudrait demander à l'auteur à quelle molécule il pense.