Nos documentos na área de medecina que me têm surgido, este termo tem sido sempre traduzido e validado por esta tradução (a grafia utilizada é a de PT-BR):

Exemplo:
The major secondary endpoint is the 180-day angiographic binary restenosis (ABR) rate, to be compared among each of the following sub-groups.

O principal objectivo secundário é a taxa de reestenose binária angiográfica (ABR) a 180 dias, a ser comparada entre cada um dos sub-grupos que se seguem.

1 N. de C.: Lebende Spranchen No. 1/99, pág. 34: «Posteriormente, definen las características del estudio (características de los pacientes incluidos, tipo de ensayo clinico, evaluación, seguimiento y end-points, así como las pruebas estadísticas empleadas)».

Además de las traducciones indicadas, obsérvese asimismo que endpoint puede tener los siguientes significados: punto final (quím.), final, conclusión (de un ensayo clínico o de un proceso), interrupción precoz (de un ensayo clínico), pauta de interrupción (de un ensayo clínico), valor límite o extremo de un intervalo de valores, acontecimiento mórbido, muerte.

De acordo com o dicionário de Fernando A. Navarro (espanhol-inglês),
nos estudos clínicos "endpoint" refere-se à variável predefinida que permite quantificar o efeito de uma intervenção. Para "primary endpoint" ele prefere traduzir como "criterio principal de valoración".
Diz também que em inglês se conhece como "outcome variable".