ICの世界では同じものです。
その他電気関係一般で言うと、ピン(pin）は形に注意を払った言い方で、ICのピンのようにピンの形をしたものです。一方端子の方は形には関係なく、電気的な働きに関する用語で、信号や電力をほかの部品などに受け渡しをするところ、とでも言いましょうか。一般的に端子はterminalと訳せると思いますが、この方がピンよりも広い意味の言葉、といって良いと思います。例えば平たくて、真ん中に穴の開いたようなものは端子とは呼べますが、ピンとは言いにくいでしょう。
こんなところでいかがでしょうか。