Igor Andreev Sep 20, 2021:

Спасибо

Marlin31 Sep 20, 2021:

а это по цитохрому Р450
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4090277/
Figure 2
Kinetic analysis of catalytic activity of CYP2C19.1B (wild type) and CYP2C19.10 proteins on the metabolism of omeprazole

https://discovery.ucl.ac.uk/id/eprint/10080687/1/Kulsharova_...
Kinetic analysis of the CYP activity on metabolism of substrate
testosterone

https://dora.dmu.ac.uk/bitstream/handle/2086/19554/Thesis Fi...
Figure 4.11. Kinetic analysis of CYP3A4 catalytic activity towards dealkylation of
DBOMF

Marlin31 Sep 20, 2021:

Игорь, так ведь в кинетике ферментативных реакций и изучают (ферментативную или каталитическую) активность фермента в отношении к-л. субстрата. Вот ссылки на русско- и англоязычные публикации (правда, там не все про ферменты):
https://www.google.com/search?q=" кинетический анализ активн...

https://www.google.com/search?q="kinetic analysis of enzymat...

Igor Andreev Sep 20, 2021:

Александр,
а можно еще ссылочку на "кинетический анализ активности фермента", а то про участие цитохромов и печени в метаболизме всякой дряни слыхал, про кинетику ферментативных реакций тоже, а про такое еще нет?

Относительно "рекомбинантного": Corning упомянул как раз в качестве возможного подтверждения версии о рекомбинантном UGT - оно у них есть

Marlin31 Sep 20, 2021:

Относительно "рекомбинантного". Очевидно потому, что белок получен в искусственной системе, а потом уже добавлен к микросомам. Гораздо проще получить "голые" микросомы, т.е. без каких-либо белков, а потом добавить к ним определенную концентрацию цитохрома. Нежели получить микросомы с кучей разных белков и непонятной концентрацией цитР450.

Все остальные вопросы, наверное, нет смысла рассматривать, не зная текста отчета. Чем менее определены условия задачи, тем ширЬше полет фантазии.

Marlin31 Sep 20, 2021:

Игорь, я, кажется, постарался подробно объянить, почему фармакологи исследуют метаболизм разных ксенобиотиков (к коим относятся лекарства) в системе с цит Р450. Еще раз, неполярные циклические соединения не могут экскретироваться из организма печенью, почками и т.д. "просто так". Они нерастворимы в воде. Значительную часть этих неполярных соединений (где-то 30-40%) метаболизируют именно цитохромы Р450 печени, типа CYP3A4:
https://en.wikipedia.org/wiki/CYP3A4
Cytochrome P450 3A4 (abbreviated CYP3A4) is an important enzyme in the body, mainly found in the liver and in the intestine. It oxidizes small foreign organic molecules (xenobiotics), such as toxins or drugs, so that they can be removed from the body.
Именно поэтому цит Р450 равнозначно важный объект (а не просто инструмент) исследования как и изучаемый препарат. Его нельзя заменить каким-нибудь альбумином (который тоже может связывать неполярную органику). Поэтому изучают кинетику активности данного цит Р450 в отношении данного же препарата.

Igor Andreev Sep 20, 2021:

Александр, разбирая по косточкам имеющийся контекст, имеем:
1) Исследуют: Relative contributions of cytochrome P450 (CYP) and UDP-glucuronosyltransferase (UGT) enzymes to the metabolism of ХХХ
иными словами, конечно да, ферментативные реакции Р450, но исключительно в отношении препарата ХХХ
2) на чем исследуют: in human liver microsomes (тут вроде все понятно - микросомальная фракция печени человека)
3) как: recombinant CYP kinetic analysis and UGT inhibition studies - b тут хуже, поскольку либо во втором пункте это действительно микросомальная фракция печени (но зачем тогда добавлять туда рекомбинантные ферменты?), либо это стандартный набор для анализа, как предлагаемый, например, здесь:
https://tinyurl.com/ydwca9us : Corning offers wide range of non-P450 metabolic enzymes, including UDP-glucuronosyl transferases (UGTs), flavin-containing monooxygenases (FMOs), monoamine oxidases (MAOs), soluble N-Acetyltransferases (NATs), and carboxylesterases (CESs). For many of the recombinant enzyme products, side-by-side comparisons of the catalytic activity with pooled human liver microsomes (HLMs) have been performed

Я бы сказал, что второе

Использование - да, возможно лишнее

Tatiana Nikitina Sep 20, 2021:

Вы сами написали, чем занимались. И вы опять путаете объекты. В данном случае объект - это лекарственный препарат. Там никого не интересуют сами цитохромы и их кинетика. Интересует только какие ферменты могут участвовать в метаболизме препарата. Более того, кинетика используемых инструментов-цитохромов прекрасно известна еще до начала эксперимента. Схема изучения цитохромов: берем цитохром (объект) и выясняем, какие из множества проверяемых веществ (инструментов) являются его субстратами. Схема изучения препарата: берем препарат (объект) и проверяем, какие из множества цитохромов (инструментов) будут его метаболизировать. Разница тонкая, но ее надо чувствовать.

Marlin31 Sep 20, 2021:

Вам, конечно, виднее с такого большого временного и пространственного расстояния, чем я занимался.

Marlin31 Sep 20, 2021:

экспериментального метода//инструмента). Исследуется именно активность цитохрома Р450 в отношении данного субстрата. Поэтому можно уточнить "кинетический анализ АКТИВНОСТИ цитохрома Р450".
Относительно применимсти "рекомбинантный" к UGT - имхо, структура фразы говорит, что кинетический анализ активности Р450 и исследование ингибирования UGT - разные методики. Хотя из названия трудно окончательно это понять, как и то использовался ли один вид фермента или их было больше. Это должно быть ясно из текста.

Tatiana Nikitina Sep 20, 2021:

В том-то и дело, что вы занимались "этими самыми CYPочками". А тут речь не про цыпочек, а про лекарственный препарат. Так что цитохромы здесь именно что инструмент изучения метаболизма препарата.

Marlin31 Sep 20, 2021:

Вот приходится припоминать свою постдоковскую молодость в UTMB в лабе Дж. Халперта, где занимались этими самыми CYPочками. Цитохромы Р450 - одни из тех ферментов, которые метаболизируют в организме всякую "крутую" неполярную циклическую органику, т.н. ксенобиотики и эндогенные соединения. Поэтому в фармакологии стандартно исследуют как различные лекарства (которые зачастую и есть эта неполярная циклическая органика) метаболизируются цитохромом Р450 преимущественно из печени. Делается это, как правило, in vitro. То есть, смотрят на скорость (кинетику) оксигенирования неполярнго субстрата цитохромом и на то, какие метаболиты при этом образуются и как они взаимодействуют с другими лекарствами, если человек принимает несколько препаратов. Т.е., "кинетический анализ с использованием рекомбинатного CYP/цитохрома P450" не отражает сути эксперимента, поскольку "с использованием" говорит, что цитохром всего лишь некоторый "инструмент" в исследовании метаболизма субстрата как, например, стоп-флоу или кинетическая флуоресцентная спектроскопия. Что, очевидно, не так. И цитохром, и субстрат одинаково важны в конкретном эксперименте и не могут быть заменены на ч-л иное (в отличие от

Igor Andreev Sep 19, 2021:

+1 к мнению Татьяны
кинетический анализ с использованием рекомбинатного CYP/цитохрома P450

Почему не "рекомбинантных белков семейства ..." - выше указано для обозначения чего использовано сокращение CYP: Relative contributions of cytochrome P450 (CYP) ...

Да, и, вероятнее всего, "рекомбинантный" относится и к UDP-glucuronosyltransferase (UGT) enzyme, поскольку похоже, что все происходит in vitro в препаратах микросом печени

Tatiana Nikitina Sep 18, 2021:

Коллеги, а разве здесь изучают кинетику цитохромов? Тут явно изучают кинетику метаболического превращения препарата. И используют для этого как инструмент рекомбинантные цитохромы. Так что я бы не сказала, что это анализ кинетики цитохромов.