Es un problema común en algún tipo de bombas, si tratabajan por encima de la superficie del agua. El procedimiento para resoverlo es el "cebado" de la bomba. En esta dirección tienes un ejemplo:

http://www.monografias.com/trabajos14/bombas/bombas.shtml
"Para que la bomba centrífuga esté en disposición de funcionar satisfactoriamente, tanto la tubería de aspiración como la bomba misma, han de estar llenas de agua.
Si la bomba se encuentra a un nivel inferior a la del agua del pozo de aspiración, siempre se cumplirá esta condición, pero en los demás casos hay que expulsar el aire de la tubería de aspiración y de la bomba y reemplazarlo por agua; esta operación se denomina cebado."

Un saludo.