KudoZ: term help for translators

The KudoZ network provides a framework for translators and others to assist each other with translations or explanations of terms and short phrases.

English term

Wolfskin

529 questions

Putative sequence liability analysis

English to Russian Law/Patents Biology (-tech,-chem,micro-) Конструирование антител

Putative sequence liability analysis
Potential sequence liabilities in CDRs (identified under Chothia) of the 16B8.C8 and 9F11.B7 antibodies were examined.
The following potential liabilities were considered:
M (potential oxidation site); NG, NS and NT sequence motif (potential deamidation site); DG, DS and DT sequence motif (potential isomerization site); DP sequence motif (potential site for chemical hydrolysis).

Из другого источника:
Antibody sequence liabilities and assets include:

Likely sequencing errors (eg. poor quality sequences)
Premature STOP codons or frameshift mutations
Sequence motifs that may reduce the conformational stability or might otherwise impair the functioning of antibody products

Liabilities will be shown as annotations on sequences and an overall "Score" will be given based on how many liabilities were found. Each liability adds a negative value to the overall score of a sequence*

https://help.geneiousbiologics.com/hc/en-us/articles/5324606...

Sequence Liability Identification Service

Post-translational modifications (PTMs) of antibody have the potential to affect affinity, stability, potency and homogeneity of an antibody, and this will result in complicated process in downstream development. The bioactivity and production of various isoforms of the product will be impacted. PTMs normally include deamidation, isomerization, oxidation, glycosylation, free thiol, pyro-Glutamate, C-terminal Lysine etc.
To identify the sequences within antibody variable regions, Creative Biolabs has developed algorithms to offer this kind of service to improve the potential product quality. We are dedicated to helping our clients to make smarter decisions about eliminating the program earlier in the antibody engineering process or selecting the liability free antibodies for further development. We aim to provide critical insight into your project and reduce your cost via foreseeing potential quality risks.

https://www.creative-biolabs.com/immuno-oncology/sequence-li...

Это анализ каких-то предполагаемых уязвимых сайтов/участков в последовательностях антител? (в мультитране встречал перевод участок ответственности последовательности, но как-то не отражает он сути термина)

Discussion

Wolfskin (asker) Oct 31, 2022: Игорь и Marlin, спасибо за помощь!
Marlin31 Oct 29, 2022: Смысл этого термина более-менее понятен, а уж как кратко и емко его сформулировать на русском - вопрос времени. Проблема в том, что и в английском для этого термина нет простого и краткого определения. Все они довольно размыты и многословны. Есть еще пара ссылок, где народ пытается дать определение: https://www.novusbio.com/antibody-news/antibodies/characteri... (первый абзац) https://carterra-bio.com/resources/develop-high-quality-ther... в транскрипте этого видео есть раздел How do we make this library? Плюс определение для liability в Оксфордском словаре: https://www.oxfordlearnersdictionaries.com/definition/englis... a person or thing that causes you a lot of problems В общем, можно выбирать из предложенных вариантов, включая последний от Игоря, что-то типа "анализ (скрининг) последовательности на потенциальные (предположительные) участки, подверженные неблагоприятным (вредным) модификациям. Про модификации говорить вполне уместно, поскольку в исходнике речь идет именно о химической стабильности, связанной с модификациями цепи.
Igor Andreev Oct 29, 2022: Еще вариант в ту же сторону, Анализ предположительных вредных модификаций последовательности, по аналогии с вредными мутациями
Wolfskin (asker) Oct 29, 2022: Marlin31 Или же, как более общий термин, Анализ (присутствия) потенциальных участков неблагоприятных модификаций в последовательности / Анализ последовательностей на присутствие потенциальных участков неблагоприятных модификаций.
Marlin31 Oct 29, 2022: @Wolfskin В принципе можно использовать и Ваш вариант, "потенциальные участки (но не сайты) уязвимости последовательности". О чем именно идет речь понятно из представленного контекста. В целом хотел бы обратить внимание на мою 2-ю ссылку - Biophysics for Therapeutic Protein Development. Там есть более общий раздел на стр. 132 6.4 Typical Protein Liabilities Macromolecules in general and proteins in particular are highly complex in their structure and have various instabilities. These protein instabilities can be broadly classifi ed as physical or chemical instabilities (Table 6.1 ). Typical physical liabilities that should be screened for in an early assessment strategy are those intrinsic stability parameters that can be used to predict overall stability and aggregation propensity and undesirable solution properties, such as solubility, high viscosity, phase separation, and opalescence. Chemical instabilities that should be screened for include deamidation, fragmentation, and oxidation propensity (Chan and Carter 2010 ). Т.е., liability в применении к белкам - это аналог нестабильности. Т.е., можно вместо уязвимости использовать нестабильность, что более понятно биохимикам.
Wolfskin (asker) Oct 29, 2022: Marlin31, в примерах речь идет о свойствах антител. То есть сперва антитела получают посредством гибридом, затем оценивают свойства полученных антител. Приводится отдельный пример под названием Example 3. Putative sequence liability analysis. Potential sequence liabilities in CDRs (identified under Chothia) of the 16B8.C8 and 9F11.B7 antibodies were examined. The following potential liabilities were considered: M (potential oxidation site); NG, NS and NT sequence motif (potential deamidation site); DG, DS and DT sequence motif (potential isomerization site); DP sequence motif (potential site for chemical hydrolysis). The results are summarized in Table 16. В конце важна фраза: [0632] Variants of these antibodies were designed to remove the putative sequence liability motifs. https://patentscope.wipo.int/search/en/detail.jsf?docId=WO20... Это именно то, что описывается в приведенной вами ссылке https://www.benchling.com/blog/introducing-new-antibody-prop... Identify Sequence Liability Sites Пытаюсь понять, это что-то типа Анализа потенциальных участков/сайтов уязвимости последовательности? То есть не просто модификации, а негативно влияющие на свойства Ат.
Marlin31 Oct 28, 2022: Игорь, я, кажется, об этих возможных изменениях свойств белков написал. Перфекционизм, конечно, хорошо. Но, как грицца, est modus in rebus - всему есть мера вещей. Надо смотреть текст. Если в нем речь идет о влиянии этих модификаций на свойства антител, то и так понятно, что это за анализ. Если нет, можно сделать ссылку, в к-ой дать более развернутое определение этому анализу. Пытаться все вместить в название анализа - не всегда разумное занятие. Вы же пишите ДНК без того, чтобы расшифровывать их химическую структуру, строение, модификации, организацию в прокариотах и эукариотах. Вот и здесь текст, очевидно, предназначен для специалистов и, если необходимы какие-то детали, они их найдут или уже знают. Кроме того, Вы же выделили certain, т.е. не все модификации вредны. Это тоже очевидно, поскольку подобные модификации (мутации) есть двигатель эволюции. Они увеличивают разнообразие субъектов, из к-ых потом и выбирается оптимум. Это плата за развитие. 99.9% мутаций-модификаций так или иначе вредны. Но 0.1% дает начало более "продвинутым" формам живого. Так и здесь нельзя утверждать, что 100% модификаций антител неибежно фатальны. Так что Ваше замечание излишне.
Igor Andreev Oct 28, 2022: подверженные модификациям недостаточно, суть в том, что эти модификации ухудшают свойства антител: Certain post-translational modifications (PTMs) on antibodies are considered “sequence liability sites,” and can impact an antibody’s stability and ability to bind antigens. https://www.benchling.com/blog/introducing-new-antibody-prop...
Marlin31 Oct 28, 2022: Вот пара ссылок для лучшего понимания о предмете вопроса: https://books.google.ru/books?id=bVBDAAAAQBAJ&printsec=front... page136 6.6.2 Chemical Stability https://www.benchling.com/blog/introducing-new-antibody-prop... Identify Sequence Liability Sites
Marlin31 Oct 28, 2022: Судя по тому, что написано в разных источниках, это можно назвать анализом на предполагаемые (потенциальные) участки цепи, подверженные модификации. В приложении к антителам, это участки, расположенные в CDR. Проблема этих модификаций в том, что они способны изменять стабильность и афинность антител не в лучшую сторону. Вариант, приведенный в мультитране - это, конечно, глупость.
Igor Andreev Oct 28, 2022: не уверен, что существует перевод. Еще как вариант, изъяны или дефекты. Стоп-кодоны, мутации или ошибки в последовательности в результате некачественного секвенирования - это как раз дефекты, но вот потенциальные сайты модификации из первой ссылки, скорее изъяны...
Igor Andreev Oct 28, 2022: Тоже кажется, что речь идет об анализе предполагаемых/потенциальных недостатков нуклеотидной/аминокислотной (в зависимости от контекста) последовательности см. Thesaurus liability - the quality of being something that holds you back bad, badness - that which is below standard or expectations as of ethics or decency; "take the bad with the good" weak point - an attribute that is inadequate or deficient disadvantage - the quality of having an inferior or less favorable position https://www.thefreedictionary.com/liability в противоположность assets (достоинствам, преимуществам) во второй ссылке
Wolfskin (asker) Oct 28, 2022: Возможно, как вариант, Анализ потенциальных недостатков последовательности?