..или штаммов

я бы сказала

или выявления микроорганизмов, возбудителей etc.

eeg-online.ru/abstracts/home.htm
Diagnostic yield of sequential routine EEG and extended outpatient ... В анализе учитывались: частота событий, диагностическая значимость всего ВЭЭГ, ...

www.rmj.ru/articles_3588.htm
В клинической практике большую диагностическую значимость имеют результаты микроскопического исследования мазков, окрашенных по Граму. Для ...

medinfa.ru/article/100/118789/
Микробиологическое исследование мазков из носа или глотки имеет низкую диагностическую значимость. Для повышения эффективности ...

Предлагаю рассмотреть значение предложенного слова. Как известно, это выход продукции, урожай, пр. короче говоря, output. Речь идет о мазках. Кто их будет сравнивать в "сыром" виде? Они же абсолютно одинаковые (палки с ваточкой, намотанной на кончик). А продукция? Ее надо получить (долгий процесс микробиологического исследования). Поэтому, естественно, сравнивают полученные результаты микробиологических анализов.
Относительно количества микробов - вряд ли, подсчитать их довольно сложно. Может быть, колонии сравнивают... Или вообще результаты - то есть, сколько тех и этих мазков оказались информативными, а сколько -"пустыми". Нам эти детали неизвестны.

--------------------------------------------------
Note added at 22 hrs (2012-01-27 19:36:58 GMT)
--------------------------------------------------

В любом случае для получения частоты выявления нужны сначала результаты (а как же иначе узнать, где чаще получают положительный ответ?). Например, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC271936/pdf/jcm00...
An increased yield of 14% more positive specimens for rotavirus was obtained after preparation of clinical samples by direct ultracentrifugation versus a method without virus concentration (82 versus 72).
Лично я бы перевела так:
Лучший результат - на 14% больше образцов с положительным ответом на наличие ротавирусов - был получен....
Дело в том, что я эти методики знаю из практики, и поиск мне не понадобился....

--------------------------------------------------
Note added at 22 hrs (2012-01-27 19:58:58 GMT)
--------------------------------------------------

Кроме того, в том же гугле есть несколько ссылок, в которых эти термины рядом, т.е. они не могут значить одно и то же: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6268658....rapid concentration method which enhances the rate and yield of virus detection from clinical specimens by electron microscopy ....
.....показатели частоты обнаружения/выявления вирусов и количественные /результаты, полученные при изучении клинических образцов метдом электронной микроскопии...